Polbangtan Yoma memiliki lambang berbentuk lingkaran dengan tulisan Politeknik Pembangunan Pertanian Yogyakarta Magelang, yang di dalamnya terdapat lima helai daun, satu buku terbuka dan pena dalam lingkaran.
Makna dari lambang Polbangtan, sebagai berikut:
a. Lingkaran Luar, melambangkan selalu melakukan perbaikan terus menurus dalam melaksanakan penyelenggaraan Tridharma Perguruan Tinggi;
b. Lingkaran Dalam, melambangkan pertumbuhan dan perkembangan mengikuti kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi dalam bidang pertanian;
c. Lima Helai Daun, melambangkan naungan kementerian pertanian;
d. Buku Terbuka, melambangkan simbol dari pendidikan tinggi vokasi pertanian yang dinamis;
e. Pena, melambangkan simbol dari pendidikan tinggi vokasi pertanian yang inovatif; dan
f. Lokasi sekolah tinggi vokasi pertanian